El 195 aC, Marc Porci Cató instal·là un campament militar a Empúries que fou l'embrió d'una nova ciutat, creada a principis del segle I aC. En època de l'emperador August, les ciutats grega i romana es van unir física i jurídicament sota el nom de Municipium Emporiae (darrer quart del segle I aC). Mentres que Gerunda (Girona), Barcino (Barcelona), Tarraco (Tarragona) i altres ciutats romanes de la Península adquirien cada cop més importància, Emporiae la perdia progressivament. A la segona meitat del segle III dC, tota la ciutat romana i el sector de la Neàpolis eren ja abandonats, i la població es va concentrar a Sant Martí d'Empúries. Aquesta ciutat fou seu episcopal durant tota l'Antiguitat Tardana i els seus habitants utilitzaven com a cementiri l'àrea nord de la Neàpolis, on trobem les restes d'una capella funerària.
Després de la invasió àrab i de la recuperació franca (s. VIII), Empúries fou capital del comtat carolingi d'Empúries i posteriorment capital del comtat medieval d'Empúries fins el segle XI, moment en què el comte trasllada la capital a Castelló. A partir d'aquell moment, Empúries es convertí en un petit nucli de pescadors que el segle XVI funden la vila de l'Escala.
És una de les cases més importants de la ciutat. En destaquen els mosaics que decoraven els paviments de les habitacions principals.
*Només són visibles durant la primavera i l'estiu.
Espai subterrani ubicat sota el peristil de la Domus dels mosaics
Dues grans cases romanes amb atri i peristil.
Aquesta illa, actualment en procés d'excavació, estava ocupada pels banys públics de la ciutat.
Edificis situats al fòrum destinats a l'administració judicial i política de la ciutat.
La banda nord del fòrum estava tancada per un edifici de dues plantes, una de les quals era subterrània
Era l'edifici religiós més important i representatiu de la ciutat, provablement estava dedicat a Júpiter, Juno i Minerva
Illa de cases amb habitatges i botigues