Les excavacions arqueològiques a l’entorn de l’església de Santa Margarida d’Empúries, al nord del terme municipal de l’Escala, confirmen l’existència d’un important nucli d’hàbitat tardoromà i alt medieval a prop de l’antic estuari. Els treballs, duts a terme per un equip d’arqueòlegs del MAC-Empúries, han comportant la realització de diverses campanyes d’excavació arqueològica (2020, 2021 i 2022) amb l'objectiu de delimitar i conèixer l’evolució de les edificacions situades a l’entorn de l’actual església de Santa Margarida. Els treballs s’han centrat en continuar descobrint les restes associades al conjunt episcopal tardoantic d’Empúries, atès que les seves edificacions constituïen l’epicentre del nou nucli d’hàbitat sorgit després de l’abandonament de la ciutat romana d’Empúries.
Els treballs han comportat l’ampliació de l’àrea descoberta fins l’any passat, especialment a les parts nord i oest. En aquests sectors, la seqüència estratigràfica documentada ha permès documentar diverses construccions associades a l’etapa baix medieval. Per sota d’aquesta etapa constructiva, s’han excavat diverses fases de tombes corresponents a un extens cementiri que s’hauria conformat amb posterioritat a l’abandonament del baptisteri i la basílica del conjunt episcopal tardoantic, que situem entre el segle VIII, i fins al període baix medieval. Es tracta d’enterraments en inhumació, en fosses excavades al subsòl, a vegades senyalitzades amb algunes pedres o, més excepcionalment, clarament protegides per una estructura o caixa feta d’obra.
Major interès tenen les novetats relative a les etpes incials del jaciment, vinculades al conjunt episcopal, del que en coneixem ara diversos edificis, entre els quals el baptisteri, de planta quadrada i amb la piscina baptismal al centre i, també, la basílica, una imponent construcció de tres naus situada immediatament al nord. L’excavació del sector de l’absis i d’una part de la nau central i lateral sud ha permès, per primera vegada, conèixer amb força detall com era aquesta construcció. La basílica i el baptisteri s’emplaçaven a la part est d’una plaça, a redós de la qual hom suposa hi havien també les altres edificacions que completarien el complex episcopal, com ara el palau del bisbe, ara per ara desconegudes. L’origen d’aquest complex es remunta a la fi del segle IV i, malgrat les successives reformes, sembla que va perdurar fins la fi del segle VII o els inicis del segle VIII.
